publicaciones indexadas con referato
- Stephanie Goya et al. 2023. Assessing the hidden diversity underlying consensus sequences of SARS-CoV-2 using VICOS, a novel bioinformatic pipeline for identification of mixed viral populations. Virus Res 325, 199035. doi: doi.org/10.1016/j.virusres.2022.199035
- Julian Padró, Diego N. De Panis, Pierre Luisi, Hernán Dopazo, Sergio Szajnman, Esteban Hasson, Ignacio I. M. Soto. 2022. Ortholog genes from cactophilic Drosophila provide insight into human adaptation to hallucinogenic cacti. Scientific Reports 12 (3180). doi: 10.1038/s41598-022-17118-x.
- Diego De Pani, Hernán Dopazo, E. Bongcam Rudlof, Ana Conesa & Esteban Hasson. 2022. Transcriptional responses are oriented towards different components of the rearing environment in two Drosophila sibling species. BMC Genomics. Jul 16;23(1):515. doi: 10.1186/s12864-022-08745-9.
- Gustavo Martínez, Diego Gnocchi, Jeremías Zubrzycki, Estefanía Martínez, Antonio Cattaneo, Juan Manuel Berros, Marcela Irigoyen, Gabriel Ércoli, Lautaro Tessari, Hernán Dopazo. 2021. Noninvasive PGT for aneuploidies (niPGT-a): report of the first child born in Argentina. Reproducción 36(1): 95-101.
- Jose M. Latorre-Estivalis; Francisca Cunha Almeida; Gina Pontes; Hernán Dopazo, Romina Barrozo; and Marcelo Lorenzo. 2021. Evolution of the insect PPK gene family. Genome Biology and Evolution 13(9) evab185, https://doi.org/10.1093/gbe/evab185
- Diego De Panis, S. A. Lambertucci, G. Wiemeyer, C. Mazzoni, I. Gutt, H. Dopazo, J. Padró. Mitogenomic analysis of extant condor species provides insight into the molecular evolution of vultures. 2021. Scientific Reports 11 (17109).
- Pierre Luisi, Angelina García, Juan Manuel Berros, Josefina M. B. Motti, Darío A. Demarchi, Emma Alfaro, Eliana Aquilano, Carina Argüelles, Sergio Avena, Graciela Bailliet, Julieta Beltramo, Claudio M. Bravi, Mariela Cuello, Cristina Dejean, José Edgardo Dipierri, Laura S. Jurado Medina, José Luis Lanata, Marina Muzzio, María Laura Parolin, Maia Pauro, Paula B. Paz Sepúlveda, Daniela Rodríguez Golpe, María Rita Santos, Marisol Schwab, Natalia Silvero, Jeremias Zubrzycki, Virginia Ramallo, Hernán Dopazo. 2020. Fine-scale genomic analyses of admixed individuals reveal unrecognized genetic ancestry components in Argentina. PLoS ONE 15(7): e0233808. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0233808. PubMed.
- Ignacio Dei‐cas, Florencia Giliberto, Leonela Luce, Hernán Dopazo & Alberto Penas‐Steinhardt. 2020. Metagenomic analysis of gut microbiota in non-treated plaque psoriasis patients stratified by disease severity: development of a new Psoriasis-Microbiome Index. Scientific Reports, 10:12754. https://doi.org/10.1038/s41598-020-69537-3. PubMed.
- Pirola Carlos, Diego Flichman, Hernán Dopazo, Tomas Fernández Gianotti, Julio San Martino, Cristian Rohr, Martin Garaycoechea, Carla Gazzi, Gustavo O. Castaño & Silvia Sookoian 2018. A Rare Nonsense Mutation in the Glucokinase Regulator Gene Is Associated With a Rapidly Progressive Clinical Form of Nonalcoholic Steatohepatitis. Hepatology Communications 2: 1082-1088. DOI: 10.1002/hep4.1235 PDF. PubMed
- Sookoian S., C. Rohr, A. Salatino, H. Dopazo, T. Fernandez Gianotti, G. Castaño, C. Pirola. Genetic variation in long noncoding RNAs and the risk of nonalcoholic fatty liver disease. Oncotarget, 2017. DOI: 10.18632/oncotarget.15286. PDF. PubMed
- De Panis D., Padró J., Furió-Tarí P., Tarazona S., Milla Carmona P., Soto I., Dopazo H., Conesa A., Hasson E. 2016. Transcriptome modulation during host shift is driven by secondary metabolites in desert Drosophila. Mol Ecol. 25 (18): 4534-50. doi:10.1111/mec.13785. PDF. PubMed.
- Sookoian S., Flichman D., Scian R., Rohr C., Dopazo H., Fernández Gianotti T., San Martino J., Castaño G., C. Pirola. 2016. Mitochondrial genome architecture in non-alcoholic fatty liver disease. J. Pathology. DOI: 10.1002/path.4803. PDF. PubMed.
- Sookoian S., Castaño G., Scian R., Fernández Gianotti T., Dopazo H., Rohr C., Gaj G, San Martino J., C. Pirola. 2016. Serum aminotransferases in nonalcoholic fatty liver disease are a signature of liver metabolic perturbations at the amino acid and Krebs cycle level. The Am J Clin Nutr. 2016 Feb;103(2):422-34. doi: 10.3945/ajcn.115.118695. PDF. PubMed
- Lüke L., M. Tourmente, H. Dopazo, F. Serra, and E.R.S. Roldan. 2016. Selective constraints on protamine 2 in primates and rodents. 2016. BMC Evolutionary Biology Jan.16(1):21. PDF. PubMed.
- Pirola, C., R. Scian, T. Fernández Gianotti , H. Dopazo, C. Rohr, J. San Martino, G. Castaño, & S. Sookoian. 2015. Epigenetic Modifications in the Biology of Nonalcoholic Fatty Liver Disease: The Role of DNA-Hydroxymethylation and TET Proteins. Medicine (Baltimore) 94 (36):e1480. PDF. PubMed.
- Santpere G., Carnero-Montoro E., Petit N., Serra F., Hvilsom C., Rambla J., Heredia-Genestar J.M., Halligan D.L., Dopazo H., Navarro A. & E. Bosch. 2015. Analysis of five gene sets in chimpanzees suggests decoupling between the action of selection on protein-coding and on non-coding elements. Genome Biol. Evol. 7 (6):1490-1505. PDF. PubMed.
- Mensch J., F. Serra, N. Lavagnino, H. Dopazo & E. Hasson. 2013. Positive selection in nucleoporines challenges constraints on early expressed genes in Drosophila development. Genome Biol. Evol. 5(11):2231–2241. PDF. PubMed.
- Serra F., Becher V. and H. Dopazo. 2013. Neutral Theory Predicts the Relative Abundance and Diversity of Genetic Elements in a Broad Array of Eukaryotic Genomes. PLoS ONE 8(6): e63915. PDF. PubMed
- Lavagnino N., Serra F., Arbiza, L., Dopazo H. & E. Hasson. 2012. Evolutionary genomics of genes involved in olfactory behaviour in the D. melanogaster species group: timing of expression and position in the signal transduction pathway. Evolutionary Bioinformatics: 8 89–104. PDF. PubMed
- Lüke L., A. Vicens, F. Serra, J. J. Luque-Larena, H. Dopazo, E. Roldán, and M. Gomendio. 2011. Sexual selection halts the relaxation of Protamine 2 among Rodents. PLoS One 6(12):e29247. PDF. PubMed.
- Gonçalves L., Borges N., Serra F., Fernandes P., Dopazo H. and H. Santos. 2011. Evolution of the biosynthesis of di-myo-inositol phosphate, a marker of adaptation to hot marine environments. Environmental Microbiology. doi:10.1111/j.1462-2920.2011.02621.x. PDF. PubMed
- A. Negredo, G. Palacios, S. Vázquez-Morón, F. González, H. Dopazo, F. Molero, J. Juste, J. Quetglas, N. Savji, M. Pizarro, S. Hutchison, J. E. Echevarría, W. I. Lipkin, A. Tenorio. Discovery of an ebola-like filovirus in Europe. 2011. PLoS Pathog 7(10): e1002304. PDF. PubMed.
- Arbiza L., Mateus P., H. Dopazo, and D. Posada. 2011. Genome-wide heterogeneity of the substitution model-fit. Genome Biology and Evolution 3: 896-908. PDF. PubMed
- Sánchez, R., F. Serra, J. Tárraga, I. Medina, J. Carbonell, S. Capella-Gutíerrez, J. Huerta-Cepas, T. Gabaldón, J. Dopazo, and H. Dopazo. 2011. Phylemon 2.0: a suite of web-tools for molecular evolution, phylogenetics, phylogenomics, and hypothesis testing. Nucleic Acids Research. Vol. 39, W470–W474. PDF. PubMed
- Cuenca-Bono B., Garcia-Molinero V., Pascual-Garcia P., Dopazo H., Llopis A., Vilardell J., S. Rodriguez-Navarro. 2011. SUS1 introns are required for efficient mRNA nuclear export in yeast 2011. Nucleic Acids Research 39(19):8599-611 PDF. PubMed.
- Martín-Trillo M., E. González-Grandío , F. Serra , G. Schmitz , F. Marcel , M. L. Rodriguez-Buey, A. Bendahmaned, K. Theres, Dopazo H. & P. Cubas 2011. Divergence of BRANCHED1-like genes in the control of shoot branching in tomato. The Plant Journal. doi: 10.1111/j.1365-313X.2011.04629.x. PDF. PubMed
- Serra F., Arbiza L., Dopazo J. and H. Dopazo. 2011. Natural selection on functional modules, a genome-wide analysis. PLoS Comp. Biol. 7(3): e1001093 PDF. PubMed
- Marigorta U., O. Lao, F. Casals, F. Calafell, C. Morcillo-Suárez, R. Faria, E. Bosch, F.Serra, J. Bertranpetit, H. Dopazo, A. Navarro. 2011. Recent human evolution has shaped geographical differences in susceptibility to disease. BMC Genomics 12 (1): 55. PDF.PubMed
- Cardona F., Sánchez-Mut J. V., Dopazo H. & J. Perez-Tur. 2011. Phylogenetic and in silico structural analysis of the Parkinson disease related kinase PINK1. Human Mutation 32(4): 369-378. PDF. PubMed
- Martin-Coello, J., Dopazo, H., Arbiza, L., Ausio J., Roldán, E. & M. Gomendio. Sexual selection drives weak positive selection in protamine genes and high promoter divergence, enhancing sperm competitiveness. Proc Roy Soc B. 2009. 276 (1666): 2427-36. PDF PubMed
- Reiss, J.O. , A.C. Burke, C. Archer, M. De Renzi, H. Dopazo, A. Etxeberría, E. A. Gale, J. R. Hinchliffe, L. Nuño de la Rosa, C.S. Rose, D. Rasskin-Gutman, and G.B. Müller. Pere Alberch: Originator of EvoDevo. 2008. Biological Theory Vol. 3 (4), Pp. 351-356. PDF
- Capriotti, E., Arbiza, L., Casadio R., Dopazo J., Dopazo H. & Marc A. Marti-Renom. 2007. Use of estimated evolutionary strength at the codon level improves the prediction of disease-related protein mutations in human. Human Mutation 29(1):198-204. PDF.
- Rico D., Vaquerizas J.M., Dopazo H. & L. Bosca. Identification of conserved domains in the promoter regions of nitric oxide synthase 2: implications for the species-specific transcription and evolutionary differences . BMC Genomics 2007, 8:271. PDF PubMed
- Huerta-Cepas J., Dopazo H., Dopazo J. & T. Gabaldon. The Human Phylome. Genome Biology 2007, J. 8:R109. PDF PubMed
- Tarraga J., Medina I., Arbiza L., Huerta-Cepas J., Gabaldón T., Dopazo J. & H. Dopazo. Phylemon: a suite of web-tools for molecular evolution, phylogenetics and phylogenomics. Nucleic Acids Research 2007. 35:W38-42. PDF PubMed
- Al-Shahrour F., Arbiza L., Dopazo H., Huerta-Cepas J. & J. Dopazo. From genes to functional blocks in the study of biological systems. BMC Bioinformatics 2007, 8:114. PDF PubMed
- Conde L., Vaquerizas J.M., Dopazo H., Arbiza L., Reumers J., Rousseau F., Schymkowitz J. and J. Dopazo. 2006. PupaSuite: Finding functional SNPs for large-scale genotyping purposes. Nucleic Acids Res. 34: W621-5. PDF PubMed
- Arbiza L., Dopazo J. and H. Dopazo. 2006. Positive selection, relaxation and acceleration in the evolution of human and chimp genome. PLoS Comp. Biol. 2(4):e38. PDF PubMed
- Arbiza L., Duchi S., Montaner D., Burguet J., Pantoja-Uceda D., Pineda-Lucena A., Dopazo J. and H. Dopazo. 2006. Selective pressures at a codon-level predict deleterious mutations in human disease genes. J. Mol. Biol. 358, 1390-1404. PDF PubMed
- Dopazo H. and J. Dopazo. 2005. Genome-scale evidence of the nematode-arthropod clade. Genome Biology 6(5): R41. PDF PubMed
- Dopazo H., J. Santoyo and J. Dopazo. 2004. Phylogenomics and the number of characters required to obtain an accurate phylogeny of eukaryote model species.Bioinformatics 20: Suppl. 1. i116-i121 ISMB/ECCB 2004. PDF PubMed
- Dopazo H., M. Gordon, R. Perazzo and S. Rissau. 2003. A model for the emergence of adaptive subsystems. Bull. Math. Biol. 65: 27-56. PDF PubMed
- Dopazo H., M. Gordon, R. Perazzo and S. Rissau. 2001. A model for the interaction of learning and evolution. Bull. Math. Biol. 63: 117-134. PDF PubMed
- Dopazo H. and M. Korenblum. 2000. Viviparism in Salamandra salamandra (Amphibia: Salamanadridae). Adaptation or exaptation? Herpetologica 56(2):144-152. PDF
- Dopazo H., Boto L. y P. Alberch. 1998. Mitochondrial DNA evolution and ovo-viviparity transition in S. salamandra.(Amphibia: Salamandridae). J. Evol. Biol.11:365-378. PDF
- Alcobendas M., Dopazo H. y P. Alberch. 1996. Geographic variation in allozymes of populations of Salamandra salamandra (Amphibia: Urodela) exhibiting distinct reproductive modes. J. Evol. Biol. 9:83-102. PDF
- Dopazo H. and P. Alberch. 1994. Preliminary results on optional viviparism and intrauterine siblicide in Salamandra salamandra populations from Northern Spain.Mertensiella 4:125-137. PDF
- Alcobendas M., Dopazo H. y P. Alberch. 1994. Genetic differentiation of the Salamandra salamandrain the Northern of Iberian Peninsula. Mertensiella 4:7-23. PDF
- Massarini A., Dopazo H., Bouzat J. Hasson E. y O. A. Reig. 1992. The population genetic structure of Ctenomys porteousi.(Rodentia: Octodontidae). Bioch. Syst. & Ecol.20(8):723-734. PDF
LIBROS
Hernán Dopazo y Arcadi Navarro (Eds). 2009. Evolución y Adaptación. 150 años después del Origen de las Especies. Obrapropia. Valencia. España. Pp. 510. PDF
Evolución y Adaptación: 150 años después del Origen de las Especies es un homenaje a la figura de Charles Darwin al cumplirse 200 años de su nacimiento y 150 años de la publicación que lo hiciese mundialmente famoso. En esta edición 101 autores convocados por la Sociedad Española de Biología Evolutiva han resumido su trabajo de investigación en 51 artículos. Estos se han agrupado en temáticas que abarcan los problemas de la evolución molecular, el cambio morfológico, la evolución del desarrollo, el origen de las especies y su interacción, la diversidad biológica, la evolución del comportamiento, la paleobiología, la evolución experimental, la evolución cultural y la evolución en la filosofía y la docencia. Muchos de estos trabajos representan décadas de constante investigación en el laboratorio y en el campo. El común denominador de los artículos que contiene este libro es el esfuerzo por transmitir a un público no necesariamente experto la actualidad de las investigaciones que en el campo de la adaptación y la evolución se desarrolla en diferentes laboratorios. Esta obra resume por lo tanto, gran parte de las investigaciones que en materia de evolución biológica se realiza en España. Esta edición deja constancia entonces del “Hecho de la Evolución”, y de la actualidad de teoría evolutiva moderna como cuerpo explicativo del mundo biológico 150 años después del origen de las especies.
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Capítulos de libro
- Dopazo, Hernán. Biocódices S.A. Una Empresa Argentina de Investigación y Desarrollo de Genómica y Bioinformática. En: Empresas de Base Tecnológica en Argentina: Experiencias Narradas por sus Creadores. Cap. 3. Pp 45-53. Ed: Roberto J.J. Williams. 1a ed . – Ciudad Autónoma de Buenos Aires : ANCEFN – Academia Nacional de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales, 2016. ISBN 978-987-4111-12-8. PDF
- Dopazo, Hernán. Genomas Humanos: evolución, adaptación y enfermedades. Una aproximación poblacional a la medicina de precisión. en: A la Luz de la Evolución. Jornada de Biología Evolutiva 2016. Ed. Ignacio María Soto ; Giselle Adriana Abruzzese. 1a ed . – Ciudad Autónoma de Buenos Aires. Pp 29-32. ISBN 978-987-42-2481-1.
- Dopazo, Hernán. Genómica Comparativa y Selección Natural en el Genoma Humano. 2010. En: Darwin en el Sur, Ayer y Hoy. Pp 97-101. E. Hasson, N. Lavagnino, P. Lipko, A. Massarini, J. Mensch, V. Scheinnson, A. Tropea y E. Wolovelsky (Eds.). Ed. Buenos Aires- Libros del Rojas. ISBN: 978-987-1075-94-2. Pp 221.
- Serra, F., Arbiza L. y H. Dopazo. Genómica Comparativa y Selección Natural. Aplicaciones en el Genoma Humano. 2009. Capítulo 1.6. En: “Evolución y Adaptacón. 150 años después del Origen de las Especies”. Hernán Dopazo y Arcadi Navarro (Eds). Pp. 51-59. Obrapropia. Valencia. España. PDF
- Dopazo, Hernán. Selective Constraints on Human Disease Mutations and Polymorphisms. In: Handbook of Human Molecular Evolution. Vol. 2.Ed.: David N. Cooper & Hildegard Kehrer-Sawatzki. John Wiley & Sons, Ltd. UK. Pp. 1546-1564.
- Dopazo, Hernán. Selective Constraints and Human Disease Genes: Evolutionary and Bioinformatic Approaches. In: Encyclopedia of Life Science (ELS). John Wiley & Sons, Ltd. Chichester. DOI: 10.1002/9780470015902.a0020762. PDF ELS
- Dopazo, Hernán. 2005. La clasificación de los organismos. Invitación a la Biología. Curtis, Barnes, Schnek & Flores. 2da ed. Editorial Medica Panamericana. Capítulo 22.
- Dopazo H. y R. Perazzo. 2003. La interacción entre aprendizaje y evolución. EnSistemas Complejos y Evolución. Montevideo. Uruguay. Ed Diderot. PDF
- Dopazo, Hernán. 2000. Evolution of Adaptive Systems. In: Astrobiology: Origins from the Big-Bang to Civilisation. Editors: Julián Chela Flores, Guillermo A. Lemarchand, J. Oró. Kluwer Academic Publishers. PDF
otros trabajos
- Dopazo H. 2020. Una "navaja suiza" para la edición génica. Premios Nobel 2020. Ciencia Hoy. Vol. 29 (172). Pp 27-29. PDF
- Dopazo H., A. Llera, M. Berenstein & R. Gonzáles-José. 2019. Genomas, Enfermedades y Medicina de Precisión: Un proyecto Nacional. Ciencia, Tecnología y Política. Año 2. N°2. Enero-Junio 2019. ISSN 2618-2483. PDF. DOI: https://doi.org/10.24215/26183188e019
- Dopazo, Hernán. Bioinformática, Genómica y Evolución. Una alianza estratégica para la biología de este siglo. Especial Año Darwin. Ciencia Hoy. 2009. Vol 19(113). Pp. 88-93.PDF.
- Dopazo H. and R. Perazzo. 2002. Mutual influence of learning and evolution. Complexity International. Vol. 9. PDF
- Dopazo H. y R. Perazzo. 2001. Aprendizaje y Evolución: Adaptación acelerada por efecto Baldwin. Ciencia e Investigación 53(3):3-8. PDF
- Dopazo H. and A. M. Baez. 1997. Ancestral patterns in anuran carpal development: a new look at Notobatrachus, a Jurassic frog from Patagonia. J. Morph. 232(3): 249.
PRENSA
- Dopazo H. 1999. Premios “Nobel” 1999 en Ciencias Biológicas. Suplemento Futuro. Página 12.